Les information présentées dans cet article ne peuvent en aucune façon se substituer à un diagnostic ou à un traitement médical qui demeurent la démarche indispensable de votre médecin traitant pour identifier et soigner une maladie. L’objectif de l’auteure est de faire mieux connaître le SIBO.
Introduction
Vous souffrez de ballonnements après les repas, de douleurs abdominales, de flatulences excessives ou d’un ventre gonflé au point de ressentir un véritable inconfort ? Ces signes peuvent être révélateurs d’un trouble encore mal connu jusqu’à récemment : le SIBO, ou Small Intestinal Bacterial Overgrowth, désormais reconnu depuis octobre 2023 comme une maladie à part entière par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS). Cette reconnaissance lui permet d’être inscrite dans le répertoire international des maladies, ouvrant la voie à une meilleure prise en charge médicale et à des recherches approfondies.
Mais qu’est-ce exactement que le SIBO ? Comment le distinguer d’un autre trouble digestif très répandu, souvent confondu avec lui : le Syndrome de l’Intestin Irritable (SII) ? Cet article vous propose un éclairage complet sur ce trouble digestif complexe, ses causes, ses symptômes et les différences avec d’autres pathologies intestinales fonctionnelles.

SIBO et SII : deux entités digestives à ne pas confondre
Le Syndrome de l’Intestin Irritable (SII)
Souvent nommé colopathie fonctionnelle, le SII est un trouble du fonctionnement de l’intestin grêle et du côlon, caractérisé par des symptômes persistants depuis plus de 3 mois :
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Douleurs abdominales ;
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Ballonnements ;
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Gaz intestinaux ;
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Troubles du transit (diarrhée, constipation ou alternance des deux).
Des symptômes extra-digestifs sont également fréquents : migraines, fatigue, douleurs pelviennes, troubles du sommeil ou encore état dépressif. Bien que sans gravité, le SII est chronique et altère fortement la qualité de vie.
À noter : les symptômes du SII sont souvent soulagés ou aggravés par la défécation, ce qui constitue un critère diagnostique différentiel important (critères de ROME IV).
SIBO vs SII : les principales différences
Caractéristiques | SIBO | SII |
---|---|---|
Présence excessive de bactéries dans l’intestin grêle | ✔ | ✘ |
Symptômes digestifs (douleurs, ballonnements, gaz…) | ✔ | ✔ |
Troubles du transit (diarrhée, constipation ou les deux) | ✔ | ✔ |
Symptômes aggravés/soulagés à la défécation | ✘ | ✔ |
Production excessive de gaz mesurable (H₂, CH₄, H₂S) | ✔ | ✘ |
Reconnu officiellement comme maladie (depuis 2023) | ✔ | ✔ |
Infection ou intoxication alimentaire comme déclencheur | ✔ | ✔ |
Pullulation bactérienne mesurable via test respiratoire | ✔ | ✘ |
Déséquilibre du microbiote (dysbiose) | ✔ | ✔ |
Pathologie fonctionnelle de l’interaction intestin-cerveau | ✔ | ✔ |
Comprendre le SIBO : Pullulation bactérienne de l’intestin grêle
Le SIBO est une prolifération excessive de bactéries dans l’intestin grêle, zone normalement peu colonisée en comparaison avec le côlon. Ce déséquilibre du microbiote intestinal provoque une fermentation excessive des aliments, source de gaz, douleurs, et de nombreux symptômes digestifs et non digestifs.
Causes fréquentes du SIBO
Les causes sont souvent multiples et intriquées :
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Troubles digestifs :
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Hypochlorhydrie (déficit en acide gastrique) ;
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Insuffisance biliaire ou pancréatique ;
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Dysbiose intestinale (déséquilibre du microbiote) ;
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Troubles hormonaux :
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Hypothyroïdie, fatigue surrénalienne, déséquilibres œstro-progestatifs ;
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Dysfonctionnement de la motilité intestinale ;
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Infections ou intoxications alimentaires ;
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Conséquences d’interventions chirurgicales ou de traumatismes abdominaux ;
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Médicaments favorisant le SIBO :
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IPP (inhibiteurs de la pompe à protons) ;
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Antibiotiques à répétition ;
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Antispasmodiques ;
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Antidépresseurs (IRS).
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Identifier les causes est primordial pour un traitement durable et personnalisé.
Une production excessive de gaz
En situation normale, les bactéries intestinales fermentent les fibres alimentaires, produisant des gaz. En cas de SIBO, cette fermentation devient excessive et anormale.
Trois gaz spécifiques peuvent être produits :
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Hydrogène (H₂) ;
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Méthane (CH₄) ;
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Hydrogène sulfuré (H₂S).
La nature et la proportion de ces gaz permettent, grâce à des tests respiratoires, de diagnostiquer le SIBO et d’en préciser le type (H₂-dominant, CH₄-dominant, mixte…).
Un rappel physiologique pour mieux comprendre le SIBO
Lorsque l’on parle de microbiote intestinal, il serait plus juste de parler de microbiote colique, car la grande majorité des bactéries présentes dans notre système digestif se trouvent dans le gros intestin, aussi appelé côlon.
Le schéma ci-dessous illustre la répartition des différentes espèces bactériennes tout au long du tube digestif. On y observe que cette répartition varie selon les zones : le côlon concentre naturellement une densité bactérienne bien plus importante que l’intestin grêle. Cette organisation est tout à fait physiologique et normale.

D’après Biology of microorganisms, Brock, Pearson Eds (12ème édition, 2009), pp 817.
Autre schéma montrant la différence de répartition des bactéries dans le tube digestif.

Microbiote intestinal © PixScience Inserm
Le schéma met en évidence une observation physiologique essentielle : la concentration en bactéries augmente progressivement à mesure que l’on avance dans le tube digestif, pour atteindre son maximum au niveau du gros intestin (côlon).
L’intestin grêle, quant à lui, héberge naturellement une quantité beaucoup plus réduite de bactéries. Toutefois, en cas de SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth), cette organisation est perturbée : le nombre de bactéries dans l’intestin grêle devient anormalement élevé, ce qui entraîne des symptômes digestifs caractéristiques tels que des gaz, des ballonnements et une sensation de ventre gonflé.
Il est important de noter que les bactéries en cause ne sont pas nécessairement pathogènes. Dans la majorité des cas, il s’agit de bactéries commensales, présentes naturellement dans notre organisme et vivant en symbiose avec nos cellules. Le problème réside dans leur mauvais emplacement : lorsqu’elles prolifèrent dans l’intestin grêle, où elles ne devraient être que faiblement représentées, elles désorganisent le système digestif et provoquent une cascade de troubles digestifs.
Ainsi, le SIBO correspond à un déséquilibre du microbiote intestinal, appelé dysbiose, marqué par une pullulation bactérienne inappropriée au niveau de l’intestin grêle.
Symptômes évocateurs du SIBO
Symptômes digestifs
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Ballonnements post-prandiaux ;
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Flatulences excessives ;
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Éructations fréquentes ;
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Reflux acide, nausées, brûlures gastriques ;
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Troubles du transit (constipation, diarrhée ou alternance) ;
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Intolérances alimentaires (histamine, FODMAPs…).
Symptômes non digestifs
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Fatigue chronique (notamment après les repas) ;
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Troubles de l’humeur (dépression, anxiété) ;
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Insomnies ;
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Douleurs articulaires ou musculaires ;
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Troubles cutanés (éruptions, démangeaisons) ;
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Migraines, troubles de concentration (“brouillard mental”) ;
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Perte de poids inexpliquée ;
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Irritations de la vessie (ex. : vessie hyperactive).
Ces signes doivent alerter, surtout s’ils s’installent de manière chronique ou évolutive.
Conclusion
Le SIBO n’est ni un caprice digestif ni une affection marginale. Désormais reconnu comme maladie par l’OMS, il mérite une prise en charge adaptée et une approche globale, incluant l’identification des causes, un bilan digestif précis, et un suivi nutritionnel personnalisé. Sa confusion fréquente avec le SII retarde souvent le bon diagnostic et donc le bon traitement.
Un accompagnement naturopathique ou médical peut vous aider à comprendre votre situation, mettre en place un traitement naturel efficace, et améliorer votre qualité de vie.
Pour toute question, pour un accompagnement personnalisé ou un bilan de terrain, vous pouvez me contacter au 06 31 03 85 02. Je me ferai un plaisir de vous guider dans cette démarche de mieux-être digestif.
Pour aller plus loin, lien vers l’article : Le Syndrome de l’Intestin Irritable.
Sylvie Borrat, Heilpraktiker-Naturothérapeute